Στις Κυκλάδες το ΤΑΙΠΕΔ βγάζει στο σφυρί 4 περιοχές υγρότοπων σε Νάξο, Μήλο και Ανδρο που βρίσκονται εντός ορίων περιοχών Natura 2000 (Ειδικές Ζώνες Διατήρησης, από τις οποίες οι 3 και εντός Ζωνών Ειδικής Προστασίας – περιοχών σημαντικών για τα πουλιά),
1 υγρότοπο στη Νάξο που έχει χαρακτηρισθεί καταφύγιο άγριας ζωής, και 3 περιοχές υγρότοπων σε Πάρο-Αντίπαρο που έχουν χαρακτηρισθεί προστατευόμενοι ως μικροί νησιωτικοί υγρότοποι.
Παρακάτω θα δείτε μερικές απο τις πιο γνωστές παραλίες που παραχωρούνται:
Γαλησσάς στη Σύρο
Αγεσαρνή Λίμνη Αλυκής στη Νάξο
Αγιος Προκόπιος στη Νάξο
Αλυκή Πάρου
Ατένι στην Ανδρο
Λιβάδι στην Ηρακλειά
